Vuelve Samus Aran, a melhor caçadora de recompensas de toda a galáxia, deve explorar um misterioso planeta para encontrar o caminho de volta a casa. Poderás jogar normalmente através de botões ou aproveitar o modo rato que oferecem os comandos Joy-Con 2. Move o comando Joy-Con 2 como se fosse um rato para apontar e movimentar-te pela tela com a maior precisão.
Explora o planeta Viewros, um para o qual transportaram Samus e que deve escanear para saber como voltar a seu lar. Faz o escaneamento das estátuas de pedra e das ruínas em busca de pistas que te permitam continuar avançando. Luta contra os abomináveis seres alienígenas que habitam o planeta. Tudo isto sendo perseguida por Sylux, um enigmático caçador de recompensas que sente uma profunda inimizade em relação à Federação Galáctica e a Samus.