Vuelve Samus Aran, la mejor cazarrecompensas de toda la galaxia, debe explorar un misterioso planeta para encontrar el camino de vuelta a casa. Podrás jugar de manera habitual por medio de botones o aprovechar el modo ratón que ofrecen los mandos Joy-Con 2. Mueve el mando Joy-Con 2 como si fuese un ratón para apuntar y desplazarte por la pantalla con la mayor precisión.
Explora el planeta Viewros, uno al que han transportado a Samus y que debe escanear para saber cómo volver a su hogar. Escanea las estatuas de piedra y las ruinas en busca de pistas que te permitan seguir avanzando. Lucha contra los abominables seres alienígenas que habitan en el planeta. Todo ello siendo perseguida por Sylux, un enigmático cazarrecompensas que siente una profunda inquina hacia la Federación Galáctica y hacia Samus.